Pria berusia 77 tahun ini meninggal dunia karena menderita penyakit diabetes melitus atau gula disertai penyakit paru-paru dan gangguan pankreas. Sebelum meninggal dunia, Yon sempat dirawat di RS Medika BSD selama lima hari. Lalu pulang. Tiga hari kemudian saat di rumah, almarhum mengeluhkan sesak nafas.

Lalu dari pihak keluarganya dilarikan ke rumah sakit yang sama. Namun, azal saat diperjalanan ke rumah sakit pria kelahiran Tuban, Jawa Timur ini menghembuskan nafas terakhir. "Saat sesak nafas, keluarga panik dan dibawa ke rumah sakit," ujar Gerry Koeswoyo anak pertama dari Yon Koeswoyo.

Rencananya, almarhum akan dikebumikan di TPU Tanah Kusir, Jakarta pada Sabtu, (6/1/2018) dan akan diberangkatkan sekira pukul 07.00 WIB.